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目前，肾脏病的诊断方法基本上有3种，一是临床诊断，二是病理诊断，三是免疫病理诊断，后两种诊断常结合应用，必须依靠肾穿刺活检，而诊断最有意义。例如，临床上表现为原发性型肾病综合征，病理上却可见于多种病变类型，如中至重度系膜增殖性肾炎、IgA肾病、膜增殖性肾炎、局灶节段肾小球硬化等，而最后确诊应依靠病理与免疫病理诊断。再如，临床上诊断为慢性肾小球肾炎，其病理表现更是多样化。而且许多易于漏诊的病变，只有依靠肾活体组织检查才能确诊，如间质性肾炎、IgA肾病、IgM肾病等。其次，通过肾穿刺活检明确诊断后，可为临床制定治疗方案、修正治疗方案，提供重要的依据。再以原发性肾病综合征为例，若肾穿刺活检诊断为微小病变型，则应用激素治疗效果良好，Ⅱ型肾病综合征根据病理类型不同，对激素治疗的反应性也不同，某些病理类型加用细胞*性药物后，反而取得了良好的效果。
随着肾活检技术日益成熟和安全性提高，肾活检适应证明显放宽，凡有弥漫性肾实质损害，其病因、病理改变性质和程度、治疗和预后等问题尚未解决或不甚明确者，均为肾活检适应证。肾活检的主要目的是为了明确诊断和指导治疗，因此，不同患者肾活检临床意义并不相同。对诊断和治疗都有帮助时，肾活检的临床意义最大，如成人肾病综合征；有些患者临床诊断基本明确，但肾活检对疾病分型和个体化治疗能提供极大帮助，它的临床意义也很大，如狼疮性肾炎、系统性血管炎。肾活检后绝大部分患者能确定诊断或修正诊断，仅不到2%患者仍不能明确诊断。肾活检病理检查指征如下：
（一）肾病综合征：肾病综合征有多种病因和病理改变，特别是成人肾病综合征，单根据临床特征常常难以明确诊断。半数以上成人肾病综合征患者肾活检后修正了诊断和调整了治疗方案。因此，成人肾病综合征均应在肾活检明确病理类型后选择治疗方案，同时判断预后。儿童肾病综合征激素治疗不敏感或激素依赖时也应及早行肾活检明确诊断。
（二）急性、急进性肾炎综合征：多种原发性或继发性肾小球肾炎、血管炎等疾病都可引起血尿、蛋白尿、浮肿、高血压（急性肾炎综合征）或肾功能急剧恶化（急进性肾炎综合征）应肾活检明确病因和病理类型。感染后肾小球肾炎、狼疮性肾炎、亢中性粒细胞胞浆抗体相关性血管炎或Goodpasture综合征虽可依据临床表现及血清学检查基本可以明确诊断，但肾活检可以发现特殊的病理改变、评估病变的可逆程度和决定治疗方案。如狼疮性肾炎临床表现为急进性肾炎综合征时，肾活检病理改变除弥漫肾小球毛细血管袢内增生和炎症外，还可能伴大量新月体、狼疮性血管病变、膜性肾病、或严重肾小管间质病变，这些病理类型的发病机制、治疗方案和预后相差很大。ANCA虽然是诊断系统性血管炎的标记物，但仍有些血管炎如ANCA阴性的血管炎，或局限于肾脏的血管炎临床难以识别，需行肾活检明确诊断。
（三）急性肾功能衰竭：肾前性少尿及泌尿道梗阻导致的急性肾功能衰竭不需通过肾活检明确，在多数情况下急性肾小管坏死可根据临床作出正确诊断。肾活检适用于非急性肾小管坏死、诊断存疑或病程4周以上仍未恢复者。
（四）镜下血尿：以IgA肾病最为常见，但也可以为遗传性肾病如薄基底膜肾病、Alport综合征等。由于病因不同，治疗和预后存在很大差异。若伴有高血压、浮肿，多为局灶节段硬化性肾小球肾炎，是行肾活检绝对指征。
（五）蛋白尿：肾病性蛋白尿（24小时蛋白定量≥3.5g）是行肾活检绝对适应征。非肾病性蛋白尿（24小时蛋白定量＜2g），如临床提示为弥漫性肾脏损害，也应行肾活检明确诊断，可排除一些早期仅表现为肾脏受累的系统性疾病，如结节病、淀粉样变性、狼疮性肾炎等；也有一些患者可能为特发性局灶节段性肾小球硬化或特发性膜性肾病，通过肾活检确定诊断后可选择不同的治疗方案。
（六）自身免疫性疾病：几乎所有的自身免疫性疾病都可累及肾脏，尤其是系统性红斑狼疮、硬皮病、混合性结缔组织病及重叠综合征少数狼疮早期可以肾脏损害为首发症状，系统性损害不明显，在病程后期才表现出系统性损害及血清学改变，如不行肾活检容易误诊。此外，狼疮性肾炎实验室检查往往与肾脏组织学检查不平行，因此，狼疮性肾炎治疗方案目前主要取决于肾活检病理分型及肾脏活动和慢性指数。肾活检病理也是判断狼疮性肾炎预后最可靠的指标。
（七）糖尿病肾病：典型的糖尿病肾病，如糖尿病病程长，尿检以蛋白尿为主，同时伴有糖尿病微血管病变或神经病变时，糖尿病肾病的诊断可不依赖肾活检，肾活检相对风险也较大。约1/3糖尿病患者的肾脏损害可能为非糖尿病肾病，如2型糖尿病合并膜性肾病、IgA肾病或新月体肾炎等。因此，2型糖尿病伴大量蛋白尿、肾病发展迅速、伴大量血尿或表现为急进性肾炎综合征者需行肾活检。
（八）慢性肾功能衰竭：慢性肾功能衰竭是肾活检相对禁忌证，但对轻度肾功能不全、肾脏体积无明显缩小，又伴有大量蛋白尿或血尿，或临床怀疑为继发性肾脏疾病但病因不明如淀粉样变性、轻链沉积病等，或需要明确病变可逆程度时，应考虑肾活检。60%-80%患者经肾活检明确诊断后，予以适时干预，长期预后大大改善。慢性肾功能不全行肾活检前应严格控制血压，纠正出凝血时间异常，出血风险极低。
（九）肾移植：肾移植早期发生肾功能不全，在除外血管疾病和外科并发症后，移植肾活检可明确是否为急性肾小管坏死、急性排异反应、神经钙调素抑制剂肾*性及其他原因引起的肾功能不全。肾移植后期肾功能不全，移植肾活检可以明确慢性排异反应、神经钙调素抑制剂肾*性、复发性肾病、或新发肾小球疾病。无论是早期还是后期移植肾损害、肾活检都对调整治疗起关键性指导作用。目前提倡肾移植后定期肾活检，可以及早发现亚临床排异反应，从而及时调整治疗。